На декабрь 2012 года основными акционерами компании были:

ZAO Depositary and Clearing Company (45,79 %),
ООО «Дойче банк» (29,98 %)
ОАО Газпромбанк (9,99 %)
ООО «Левит» (7,32 %)
78 % ООО «Левит» принадлежат Леониду Михельсону. Основные держатели акций: Леонид Михельсон (24,76 %), Геннадий Тимченко (23,46 %)[9], Total — 15,16 % (в 2014 году увеличила свою долю до 18,2 %)[10], ОАО «Газпром» — 9,99 %; 1,6 % акций по состоянию на 2016 год принадлежит Леониду Симановскому.

История изменения структуры собственности
В 2006 году 19,9 % акций компании были проданы менеджментом «Газпрому» за сумму около 2 млрд долларов США.

Основные акционеры компании на 31 марта 2007 года — ООО «Левит» (26,66 %; 78,292 % долей этого ООО принадлежит председателю правления «Новатэка» Леониду Михельсону), «Газпром» (19,4 %), Внешэкономбанк (5,6 %). 14,25 % акций на сентябрь 2006 года принадлежали кипрской SWGI Growth Fund Ltd, также контролировавшейся менеджменту во главе с Михельсоном[11]. На 26 июня 2006 года капитализация компании в РТС составила $13,3 млрд.

На июль 2009 года основными акционерами компании были: «Газпром» (19,39 %), Clariden Leu Ltd. (5,07 %, принадлежит компании Геннадия Тимченко Volga Resources), ООО «Сантата» (13,13 %), ООО «Левит» (7,32 %, контролируемая Леонидом Михельсоном), ООО «Белона» (6,21 %), SWGI Growth Fund (5,66 %, контролируемая Леонидом Михельсоном), Bluebird Securities S.A. (5,66 %), владельцы ADR (24,99 %)[12].

На декабрь 2010 года крупнейшими акционерами являлись[13]:

ООО «Левит» (более 7,3 %, контролируется Леонидом Михельсоном; всего Михельсон через различные структуры контролировал 27,17 % компании).
Структуры Геннадия Тимченко (23,49 %).
«Газпром» (19,4 %).

Просто после 2010 года Газпром разделил свои доли на примерно равные две.. Газпром и Газпромбанк..