25 июля 1998 года Ахмат Кадыров инициировал проведение Конгресса мусульман Северного Кавказа. Участники конгресса осудили ваххабизм.
«   В 1998 году я понял, что заблуждался. Дело в том, что я был противником введения шариатского правления в республике. И противником распространения ваххабизма[5].   »
26 октября 1998 года в Грозном было совершено неудачное покушение на Кадырова[7].
В июне 1999 года, пользуясь слабостью Масхадова, Кадыров на волне антиваххабизма предпринял попытку подчинить себе все силовые структуры Чечни. На тайном совещании, где присутствовали практически все руководители силовых структур, Кадыров был избран военным амиром. В соответствии с шариатскими законами амир должен был стать главой государства после устранения светского президента. Тогда верность Масхадову сохранили лишь командир национальной гвардии Магомед Хамбиев и министр внутренних дел Айдамир Абалаев. Тем не менее попытку переворота Масхадову удалось пресечь[как?][8].
С началом Второй чеченской войны Кадыров сыграл ключевую роль в мирной передаче большинства сел и городов Гудермесовского района Чечни под контроль федеральных сил[9][10][11]. В сентябре-октябре 1999 года Кадыров заявил о готовности выступить против ваххабитов с оружием в руках и вместе с полевыми командирами братьями Ямадаевыми объявил Гудермесовский и Курчалоевский районы Чечни «территорией, свободной от ваххабизма», отказался участвовать в новой войне с федеральными войсками РФ.
10 октября 1999 года указом президента ЧРИ А. Масхадова Ахмат Кадыров был снят с должности муфтия с мотивировкой: «враг чеченского народа», который «подлежит уничтожению».